Fidel regresa al pueblo que conoció en su niñez para redactar su tesis sobre la primera guerra carlista y asistir a la exhumación de los restos de un grupo de personas presuntamente arrojadas a una sima durante la Guerra Civil. El interés objetivo de ambos propósitos se ve pronto influenciado por un torrente de recuerdos: la pérdida de sus padres, la convivencia con sus primos, los devastadores efectos del primer amor… La soledad no será propicia al trabajo académico sino a la elaboración de una suerte de diario en el que se entrelazan los sucesos cotidianos, la evocación de su vida y variadas consideraciones políticas e históricas en un debate imaginario con amigos y mentores presidido por una obsesión: la violenta confrontación civil como cultura, en una realidad donde un pasado repleto de sombras gravita sobre un presente que no ha conseguido cerrar las heridas. José María Merino confirma en La sima su interés por la búsqueda de la identidad a través de la memoria y plantea una novela que rompe las barreras de los géneros, para mostrar la narrativa como un procedimiento para esclarecer la realidad que no se parece a ningún otro.
